Annotation et analyse de génomes procaryotes – mise en œuvre de la plateforme MicroScope

Présentation

La formation "Annotation et analyse de génomes procaryotes – mise en œuvre de la plateforme " est accessible aux professionnels dans le cadre de la formation continue. Cette formation a pour but d’accompagner les scientifiques qui utilisent les plate-forme MicroScope, et d’informer le public scientifique sur les analyses disponibles dans PkGDB (procaryotes Genome Database).

Stage INTER entreprises : pour les salariés d'organismes différents

Objectifs

1) acquérir les connaissances théoriques et pratiques des outils l’annotation de génomes (annotation structurale et fonctionnelle, annotation de réseaux métaboliques)
2) savoir interpréter les résultats des outils d’annotation fonctionnelle
3) savoir faire des analyses comparatives variées : analyses de synténies conservées, pan-génomes, profils phylogénétiques et métaboliques
4) apprendre à interpréter les résultats des outils de prédiction de réseaux métaboliques et à rechercher des gènes candidats pour des activités enzymatiques
5) appliquer les outils enseignés à l’analyse de génomes d’intérêt pour les participants

Durée

4,5 jours

Organisation

• Période : du 23 au 27 Novembre
• Rythme : 4 jours et 1 demi-journée
• Horaires : 9H-17H30 et 9H-12H30
• Lieu : Université d’Evry-Val-d’Essonne
• Capacité d’accueil : 12 personnes

Introduction à l’annotation des génomes:

• Séquençage et annotation des génomes microbiens
• Introduction à la plateforme MicroScope Annotation structurale et fonctionnelle:
• Prédiction de gènes
• Recherche de similarités dans les banques de séquences et de domaines protéiques
• Prédiction et utilisation de groupes de synténie
• Prédiction de fonctions enzymatiques

Annotation experte :

• Utilisation des résultats des différentes méthodes pour améliorer l’annotation fonctionnelle automatique
• Annotation des pseudogènes et des fragments de gènes
Génomique Comparative :
• Synténies et profils phylogénétiques
• Recherche d’ilots génomiques
• Analyse de core/pan génomes

Métabolisme bactérien :

• Bases de données sur le métabolisme
• Reconstruction de réseaux métaboliques
• Analyse comparative et annotation de voies métaboliques

Cours (50%) et travaux pratiques (50%).
Chaque cours est suivi d’une pratique sur ordinateur utilisant les ressources de la plate-forme MicroScope.
La formation et les documents sont dispensés en Anglais.

A l’issue de la formation, une attestation de formation est délivrée à chaque stagiaire.

Conditions d'admission

Cette formation est à destination des doctorants, ingénieurs, chercheurs, techniciens issus de laboratoires de recherche en biologie ou médicale.

Pré-requis nécessaires

Niveau basique en biologie et en informatique.

Pour vous inscrire: https://www.genoscope.cns.fr/agc/website/spip.php?article755